배경

세포의 기능 해석 등을 목적으로 한 기초 연구에서 싱글 셀 해석에 힘을 넣어 많은 연구 성과를 내고있는 S 대학 분자 생물학 연구실. 연구의 성과를 추구하기 위해 향후 추가 실험 횟수의 증가가 전망되는 한편, 시약 비용의 삭감이 과제가 되고 있었다.

도전

실험 횟수를 늘리고 싶지만 시약 키트 가격이 목에…

세포의 기능 해석 등을 목적으로 한 기초 연구에서 싱글 셀 해석에 힘을 넣어 많은 연구 성과를 내고있는 S 대학 분자 생물학 연구실. 연구의 성과를 추구하기 위해 향후 추가 실험 횟수의 증가가 전망되는 한편, 시약 비용의 삭감이 과제가 되고 있었다.

실험 횟수를 늘리고 싶지만 시약 키트 가격이 목에…

이 연구실에서는 싱글 셀의 RNA 발현 해석을 실시할 때, NGS(Next Generation Sequencing)를 이용한 Single Cell RNA-seq(scRNA-seq)로 망라적인 해석을 실시하고 있었습니다. 이 시약 키트는 고품질이며, 높은 해석 정밀도를 얻을 수 있습니다만, 그만큼, 고액의 비용이 걸려 버리는 것이 문제시되고 있었습니다.

연구자 중 한 명인 K 씨는 오늘도 고개를 끄덕였다.
"더 많은 성과를 내기 위해서는 실험 횟수를 그 어느 때보 다 늘려야 했습니다. 는 비용적으로 어려운 것으로 밝혀졌습니다."

그래서 연구실에서는 우선 저렴한 실시간 PCR법에 의한 가능성을 모색하기로 합니다. 그러나 원래, 싱글 셀에서 실시간 PCR로 RNA 발현 해석을 실시하는 경우, RNA량이 적기 때문에 충분한 cDNA를 얻을 수 없어, 정밀도나 검출 누설이 빈발해 버릴 우려가 있었습니다.

"아무리 1회당 비용이 저렴해진다고는 해도, 검출할 수 없는 유전자도 많아, scRNA-Seq를 보완하는 데이터를 취득할 수 없었습니다. 얻은 연구 성과의 지연으로 이어질 것으로 생각되었습니다 "(N 씨)

하루도 빨리 새로운 연구 성과를 거두기 위해 시약에 드는 비용을 삭감할 뿐만 아니라, 싱글셀의 RNA 발현 해석을 높은 정밀도로 실시하기 위한 해결책도 신속하게 찾아내야 합니다.

그러나 이를 위한 적절한 수단을 찾지 못했고 연구원들은 어려움을 겪었습니다.