배경

I대학 부속병원 신경내과학연구실에 배속된 S연구원은 연일 실시간 PCR에 고전하고 있었다. 특히 증폭 사이즈가 긴 경우나 GC 함량이 높은 경우의 타겟의 증폭이 능숙하지 않고, 오늘도 아침부터 대응에 쫓기고 있었다.

도전

권장 조건이지만, 프라이머 설계가 이렇게 어렵다는 것은 ...

I대학 부속병원 신경내과학연구실에 배속된 S연구원은 연일 실시간 PCR에 고전하고 있었다. 특히 증폭 사이즈가 긴 경우나 GC 함량이 높은 경우의 타겟의 증폭이 능숙하지 않고, 오늘도 아침부터 대응에 쫓기고 있었다.

권장 조건이지만, 프라이머 설계가 이렇게 어렵다는 것은 ...

S 연구원은 PCR의 경험이 얕은 경우도 있어, 일반적으로 추천되고 있는 조건으로 프라이머 설계를 실시하고 있었습니다만, 희망의 증폭 결과를 좀처럼 얻을 수 없습니다. 그 때문에, 특이적인 프라이머 서열의 설계도 전혀 할 수 없었습니다.

"GC 함량이 높은 타겟에서는 GC 함량이 비교적 낮은 서열 부분을 프라이머에 선택하여 증폭할 필요가 있습니다. 또한, 일반적인 실시간 PCR에서는 200bp 정도까지의 증폭 사이즈가 추천되고 있습니다만, 해석의 편리함에 200bp를 넘는 증폭 사이즈의 프라이머를 설계한 경우, 기대대로의 정량 결과는 아무리 노력해도 얻을 수 있습니다. 할 수 없었습니다 "(S 연구원)

S 연구원은 문헌과 인터넷에서 정보를 수집하고 다양한 프라이머와 시약의 조합을 시도했다. 또, 다른 연구원이 사용하고 있던 실시간 PCR용 시약을 몇개 나누어, 시험해 보았습니다. 그런데 증폭 곡선의 편차가 치열해, 전혀 사용하는 것이 되지 않았던 것입니다.

곤란한 S 연구원은 프라이머 설계의 조언을 받기 위해 몇 년 만에 대학의 은사인 교수의 아래를 방문하기로 했습니다. S 연구원으로부터 현재의 고민을 들었던 교수는, 이러한 사건으로부터 핀 때였던 적이 있었습니다.