배경

U 대학 의학부 부속 병원의 병리학 연구실에서는, 연일 많은 초대 세포를 사용한 유전자 발현 해석을 해내고 있었다. 조직에 가까운 초대 세포를 사용함으로써 매우 의미있는 해석을 할 수 있는 것이 특징이었지만, cDNA 합성용 RNA의 조제에 시간이 걸리는 난점이 있어, 개선을 향해 대책을 검토하기로 했다 .

도전

시판되는 cDNA 합성 키트에서는 초대 세포가 RNase의 영향을 받는다.

U 대학 의학부 부속 병원의 병리학 연구실에서는, 연일 많은 초대 세포를 사용한 유전자 발현 해석을 해내고 있었다. 조직에 가까운 초대 세포를 사용함으로써 매우 의미있는 해석을 할 수 있는 것이 특징이었지만, cDNA 합성용 RNA의 조제에 시간이 걸리는 난점이 있어, 개선을 향해 대책을 검토하기로 했다 .

시판되는 cDNA 합성 키트에서는 초대 세포가 RNase의 영향을 받는다.

연구원들이 유전자 발현 해석의 공정을 재검토한 결과, 문제점이 다시 부각되어 왔습니다. U 대학에서는 RNA의 발현 해석을 실시할 때, 세포로부터 RNA를 정제하고, cDNA를 합성한 후에 실시간으로 PCR을 실시하고 있었습니다. 이 RNA 정제 공정에 많은 수고와 시간이 걸렸습니다.

병리학 연구실의 A 연구원은 이렇게 말합니다.
"우리는 매일 수많은 초대 세포의 유전자 발현 분석을 실시하고 있었지만, RNA 정제에 시간이 걸리기 때문에 연구원들은 이 과정에 많은 수고와 시간을 보내야 하는 상황에서 했다"

이 문제를 해결하기 위해 A 연구원들은 세포에서 RNA 정제하지 않고 cDNA 합성이 가능한 키트의 활용을 시도해보기로 했습니다. 우선, 배양 세포의 라이세이트로부터 cDNA를 합성하는 키트를 이용했습니다만, 테스트를 실시한 결과, 몇개의 초대 세포에서 RNase의 영향을 강하게 받아 버려, 도입에는 이르지 않았습니다

"시판의 키트를 활용하면, 지금까지의 순서와 비교하면 시간 단축으로 이어질 전망이 있었습니다. 그러나 키트를 이용했을 경우, 몇개의 초대 세포에서 RNase의 영향을 강하게 받아 실시간 PCR의 결과가 얻지 못하거나 변동하기 때문에 근원적인 문제는 해결되지 않았습니다. "(A 연구원)

구체적인 해결책을 찾지 못한 채, A 연구원들은 오늘날에도 많은 초대 세포의 유전자 발현 분석을 해야 할 수 없었다.