배경

Z 대학의 게놈 해석 센터에서는 실시간 PCR을 이용한 유전자 발현 해석을 실시하는 연구가 최근 증가하고 있었다. 한편, 비특이 반응이나 분주 미스가 문제가 되고 있어, 연구 효율을 향상시키기 위해 원인의 세정을 행하였다.

도전

프라이머 설계나 반응 조건의 최적화에 수고가 걸려, 분주 미스도 다발

Z 대학의 게놈 해석 센터에서는 실시간 PCR을 이용한 유전자 발현 해석을 실시하는 연구가 최근 증가하고 있었다. 한편, 비특이 반응이나 분주 미스가 문제가 되고 있어, 연구 효율을 향상시키기 위해 원인의 세정을 행하였다.

프라이머 설계나 반응 조건의 최적화에 수고가 걸려, 분주 미스도 다발

세탁의 결과, 시약의 성능 향상에 개선의 포인트가 있는 것을 알았습니다. 리얼타임 PCR을 실시할 때는 리얼타임 PCR 시약을 메이커로부터 구입해, 반응성이 좋은 프라이머의 설계나, 각종의 반응 조건을 최적화한 후, 정량을 실시합니다. DNA의 증폭 효율을 높이고 정량화하려면 사용하는 실시간 PCR 시약에 적합한 조건을 검토하고 최적화해야 합니다.

그러나 프라이머 설계 및 반응 조건 최적화에는 전문 지식과 경험이 필요합니다. Z대학의 게놈 해석 센터에는, 이 분야의 경험이 적은 사람도 많아, 그 때마다, 교수나 상급생에게 상담해, 최적화를 실시하고 있었습니다. 그 때문에 최적화가 불충분한 경우가 발생하여, 얻어진 정량 결과에는 편차가 생겨, 재현성도 얻을 수 없었습니다. 또, DNA의 증폭 효율이 오르지 않고, 적은 유전자량으로 정확하게 정량할 수 없는 케이스나, 비특이적 증폭이 발생하는 케이스 등도 있었습니다. 이러한 이유로 여러 번 프라이머 설계 및 반응 조건을 검토하고 최적화해야 하며 연구 효율을 낮추는 원인이 되었습니다. 그 밖에도, 수작업으로 시험을 실시하고 있기 때문에, 어느 웰에 시약을 분주했는지 모르게 되어, 더빙이나 빠짐이 발생해 재측정을 실시하는 일이 있었습니다. 서둘러 분주 실수가 증가하여 효율을 더욱 악화시키는 원인이 되었습니다.

비특이적 반응의 억제나 분주 미스의 최소화로 연구 효율을 향상시키기 위해서는, 허용범위가 넓고 범용성이 뛰어나 최적화의 수고가 적어지는 실시간 PCR 시약이 필요했습니다.