배경

L 대학 분자 생물학 연구소 내의 한 연구실에서는 RNA의 발현 해석을 실시하기 위해, RNA를 역전사하여 합성한 cDNA를 이용하여 실시간 PCR에 의한 해석을 실시하고 있었지만, 최근 RNA의 정량 결과가 변동해, 정밀도 낮다는 것이 문제가되었습니다.

도전

혼입된 미량의 게놈 DNA가 방해에…

L 대학 분자 생물학 연구소 내의 한 연구실에서는 RNA의 발현 해석을 실시하기 위해, RNA를 역전사하여 합성한 cDNA를 이용하여 실시간 PCR에 의한 해석을 실시하고 있었지만, 최근 RNA의 정량 결과가 변동해, 정밀도 낮다는 것이 문제가되었습니다.

혼입된 미량의 게놈 DNA가 방해에…

문제의 원인을 조사한 결과, RNA의 정제 과정에서 게놈 DNA를 완전히 제거할 수 없었다는 것이 밝혀졌다.
조사에 임한 연구원 K씨는 이 때의 상황을 다음과 같이 말합니다.
"RNA를 정제했음에도 불구하고 정제된 RNA에는 미량의 게놈 DNA가 혼입되어 있었습니다. 결과적으로 이 잔존한 게놈 DNA도 증폭하여 합산되어 버려 정확한 정량을 방해 했어요."

정제한 RNA에 대해서, DNase 처리 등을 수작업으로 실시하여, 게놈 DNA를 제거하는 것도 가능했습니다. 그런데 이 조작은 매우 번잡한 데 시간이 걸리기 때문에 다른 실험에 영향을 끼칠 가능성이 있었습니다.

검토한 결과, 현재 사용하고 있는 것과는 다른 RNA 정제 키트를 사용하는 대책안이 부상합니다. 그러나, 대량의 RNA 정제를 실시하면, 비용이 상승할 뿐만 아니라, 키트 조작의 습득이라고 하는 수고도 우려되었습니다.

분자 생물학 연구소 중에서도, RNA 발현 해석의 정밀도 개선은 우선 순위가 높기 때문에, K씨들에게는 시급한 대책의 실행이 요구되고 있었습니다.