효소 반응 후의 DNA 용액이나 전기영동 후의 아가로스 등으로부터 고순도의 DNA 단편을 추출·정제하기 위한 키트입니다.
본 키트는, 자성 실리카 비드에, 용액 중의 DNA를 흡착시켜 회수하는 방법을 원리로 하고 있어, 간편하게 저비용으로 추출할 수 있습니다. 정제된 DNA는 단백질이나 염 등의 불순물을 포함하지 않고, PCR 등의 시퀀스·제한효소 처리·라이게이션 등 다양한 용도에 사용할 수 있습니다.
본 키트는, PCR 반응 후의 프라이머(프라이머 다이머)·dNTPs의 제거, 알칼리 포스파타제 처리 등의 반응 후의 탈단백 처리, 일렉트로포레이션 전의 DNA 샘플 탈염 처리, 및 효소 반응 후의 완충 치환 등, 다양한 샘플로부터 DNA 단편을 추출·정제할 수 있습니다. 전기영동 후의 아가로스로부터의 정제에 있어서는, NaI보다 강력한 카오트로픽제를 사용하고 있기 때문에, 실온에서 단시간에 아가로스를 융해할 수 있습니다. 또한 실리카겔이나 매트릭스를 사용한 시판의 스핀 컬럼 등과 달리 샘플량에 따라 처리 스케일을 자유자재로 변경할 수 있기 때문에 경제적이고 편리합니다.
본 키트는 자성 비드 분리용 스탠드를 사용하여 사용할 수 있습니다.

● 다양한 샘플로부터 수율 좋게 정제

효소 반응 용액이나 전기영동 아가로스겔에서 고순도의 DNA를 평균 70% 이상의 회수율로 정제할 수 있습니다.

● 간편하게 단시간에 추출

자성 실리카 비드에의 DNA의 흡착을 기본 원리로 하고 있어 간편하게 단시간(DNA 용액으로부터 약 5분, 아가로스 겔에서는 약 15분)으로 약 100bp~50kb의 DNA를 정제할 수 있습니다. 아가로스 겔로부터 정제하는 경우, 종래 아가로스 융해에 필요했던 히트 블록이나 욕조는 불필요합니다.

● 안전

유해한 페놀/클로로포름 처리가 필요하지 않습니다.

● 저비용

샘플당 ¥140과 높은 비용 성능을 실현하고 있습니다.

1. 용액에서 DNA 회수

λDNA로부터의 PCR(120bp, 1kb, 2kb)을 실시한 반응액, 및 φX174/ Hin fⅠ Marker(0.25μg/μL) 각 100μl보다 키트의 프로토콜에 따라 정제를 실시하고, 100μl의 멸균수 중에 회수를 실시했습니다 . 회수 후, PCR 산물은 아가로스겔 전기영동으로, 또한 Marker는 아크릴아미드 전기영동으로 해석을 실시했습니다.
그 결과, 당사 키트에 의해 목적의 DNA 단편이 고순도로 회수할 수 있어 PCR 산물(1kb)에서 발견된 프라이머 다이머는 제거되고 있는 것을 알 수 있었다. 또한 당사 키트에서는 타사 키트와 마찬가지로 cut off의 경계가 40~60bp에 있는 것으로 추정되었습니다.

2. 아가로스 겔 블록으로부터 DNA 회수

PCR용액(120bp, 1kb, 2kb) 및 λDNA용액(48.5kb) 각 40μL를 각각 TBE 아가로스겔 및 TAE 아가로스겔에서 전기영동을 하여 목적 밴드를 잘라내어 본 키트를 이용하여 정제하였다. 40 ㎕의 멸균수 중에 회수한 후, 전기영동으로 회수율을 평가하였다. 그 결과 각각의 PCR 산물의 회수율은 약 70~80%, λDNA의 회수율은 60% 정도인 것을 알 수 있었다. 또 이 검토에서, 타사 키트 중에는 극단적으로 수량이 낮은 것이 있는 것을 알았습니다.
전기영동 사진에서 회수 전후에 λDNA의 이동도에 차이가 인정되지만, 이것은 회수 전후에 DNA 용액의 염 농도가 다른 것에 기인하고 있다고 생각됩니다.
덧붙여 회수된 DNA는 시퀀싱·제한효소 처리·라이게이션 반응등의 다양한 용도에 사용할 수 있는 것을, 다른 실험에 의해 확인하고 있습니다.