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KOD DNA Polymerase
| Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|
| Code No.KOD-101 | 포장 250U×1개 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
| Code No.KOD-101X5 | 포장 (250U×1개)×5 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
용도
●PCR
● DNA 단편의 평활화
설명
본 효소는 가고시마현 고보시마의 황기공으로부터 지금 중 선생님에 의해 단리된 초호열시원균 Thermococcus kodakarensis KOD 1주 유래의 DNA polymerase로, KOD -Plus-나 KOD FX등의 증폭 효율을 향상 시킨 고정확성 PCR 효소의 원천이 된 효소입니다. 강한 3'→5'Exonuclease 활성(교정 활성)을 가지며, Taq DNA polymerase에 비해 약 50배의 높은 정확성을 나타냅니다. 2.5U/반응으로 최적화되어 있어 짧은 타겟을 정확하게 단시간(30sec./kb)으로 증폭할 수 있습니다.
한편, KOD-Plus-나 KOD FX에서는 장거리 성능이나 성공률을 향상시키기 위해 1U/반응으로 지적화되어 있기 때문에, 신장 시간은 Taq와 같은 1min./kb로 설정되어 있습니다. (반응성을 개선한 KOD-Plus-Neo나 KOD FX Neo에서는 30sec./kb의 반응도 가능합니다.)
KOD DNA polymerase는 강한 Proof-reading 활성을 가지므로, 증폭 산물의 말단은 평활 말단(blunt end)이 됩니다. (이 강한 3 '→ 5' 엑소 뉴 클레아 제 활성을 이용하여 DNA 말단의 평활화 처리 에도 사용할 수 있습니다.) 또한 전용 TA 클로닝 키트 TARget Clone TM -Plus- 를 사용하여 TA 복제를 할 수 있습니다.
특징
● 뛰어난 정확성 강한 3'→5'Exonuclease 활성을 갖기 때문에 Taq DNA polymerase에 비해 PCR에서 약 50배의 정확성을 나타내며 PCR 산물의 클로닝 목적에 적합합니다.
● 빠른 DNA 합성 속도
Taq DNA polymerase의 약 2배, Pfu DNA polymerase의 약 6배의 합성 속도를 나타내며 고속 PCR에 사용할 수 있습니다.
● 우수한 내열성
Taq DNA polymerase보다 내열성이 뛰어나 100℃・1시간의 열처리 후에도 약 70%의 활성을 유지하고 있습니다. 그 때문에 열변성 스텝의 온도를 높게 설정할 수 있어 GC 리치인 주형 등 특이적 고차 구조를 취하는 것과 같은 타겟에 유리합니다.
원리
실시예
1. 각 DNA 중합 효소의 PCR 신장 반응 속도 비교
M13mp18 ssDNA를 주형에 P7 프라이머를 이용하여 75℃에서 신장 반응을 행한 후, 알칼리 변성 아가로스 전기영동을 실시하고, 오토라디오그래피로 검출하였다.
반응은 주형을 1.6 μg, 효소 5 U를 사용하고 [α- 32 P] dCTP를 포함하는 80 μL 시스템에서 수행되었다.
그 결과, KOD DNA Polymerase는 다른 효소에 비해 반응 속도가 빠르고, Taq DNA Polymerase의 약 2배, 타사의 α형 PCR용 효소와는 약 4~6배의 합성 속도를 유지하고 있는 것이 알았습니다. 
2. KOD DNA Polymerase의 PCR에서 주형량 비교
푸 
라스미드를 10pg~100ng 이용하고, 50μl의 계에서 효소를 2.5U 사용하여 1kb의 타겟의 증폭을 실시했습니다. 그 결과, 100pg~100ng까지의 폭넓은 주형량으로 양호한 증폭을 확인할 수 있었습니다.
3. KOD DNA Polymerase의 PCR에서 신장 반응 시간 비교
λDNA상의 2kb를 타겟으로 하고, KOD DNA Polymerase, Taq DNA Polymerase 및 A사 고정확성 PCR 효소를 이용하여 증폭 효율을 비교했습니다.
반응은 플라스미드 2ng, 효소 2.5U를 사용하고 50 μL 시스템에서 수행했다.
그 결과, KOD DNA Polymerase는 신장 시간이 1sec.인 경우에도 증폭이 인정되어 5sec.에서 양호한 결과가 얻어졌다. 한편, Taq DNA Polymerase와 A사 효소에서는 양호한 결과를 얻기 위해서는 10sec.와 60sec.의 연장시간이 필요하였다. 
기타 실시예
참고 문헌
1) Imanaka T. et al., Appli Environ. Microbiol, 63 : 4504-4510 (1997)
2) Thomas A. Kunkel. J. Biol. Chem ., 260 : 5787-5796 (1985)
3) Imanaka T. et al., J. Biochem. (Tokyo), 125: 983-986 (1999)
4) Imanaka T. et al., J. Mol. Biol. , 306 : 469-477 (2001)
5) Ohki Y. et al., J. Biochem. (Tokyo), 132 : 713-718 (2002)
6) Okuno K.. et al., Biotchnol. Appi. Biochem. , 36 : 77-84 (2002)
7) Karaya K.. et al., J. Biochem. (Tokyo), 129 : 769-775 (2001)
제품 내용
KOD DNA Polymerase(2.5U/μL)
100μL×1개
10×Buffer #1 1mL×1개
10×Buffer #2 1mL×1개
25mM MgCl 2 [TAP-2S] 1mL×1개
2mM dNTPs * [NTP-201] 1mL×1개
※50μL로 반응을 실시한 경우, 100~200회용으로서 사용하실 수 있습니다.모양:
50mM Tris-HCl(pH8.0)
0.1mM EDTA
1mM DTT
0.1% Tween ® 20
0.1% Nonidet ® P-40
50% Glycerol
Buffer 구성:
10×Buffer #1
1.2M Tris-HCl(pH8.0)
100mM KCl
60mM (NH 4 ) 2 SO 4
1% Triton ® X-100
100μg/mL BSA
10×Buffer #2
1.2M Tris-HCl(pH8.8)
100mM KCl
60mM (NH 4 ) 2 SO 4
1% Triton ® X-100
100μg/mL BSA
활동 정의:
75℃에 있어서, 30분간에 10nmoles의 전체 뉴클레오티드를 산 불용성 분획에 도입하는 효소량을 1U로 합니다.
기원:
E.coli 재조합체
- 주의사항
PCR에는 제품에 첨부되어 있는 dNTPs 또는 별매의 dNTPs Mixture (2mM) [NTP-201]을 사용해 주십시오. 다른 dNTPs에서는 충분한 성능을 얻지 못할 수 있습니다.
- 원포인트 조언
●PCR 산물의 클로닝 본 효소의 PCR 산물은 평활화되어 있기 때문에, 평활 말단 클로닝법에 의해 클로닝할 수 있습니다. 그 때 벡터측을 탈인산화 처리하고 있는 경우, PCR 산물의 인산화를 실시하거나, 5'인산기가 붙은 프라이머를 사용할 필요가 있습니다.
또한, 본 효소의 PCR 산물은 평활화되어 있기 때문에 직접 TA 클로닝할 수 없습니다.
전용 TA 클로닝 키트 "TArget Clone -Plus-"[ TAK-201 ]를 사용하면 간편 · 고효율로 TA 클로닝이 가능합니다.
● PCR 조건의 설정에 대해서 신장 반응은 타겟 1kb에 대해 30sec.를 표준으로 합니다. 과도한 신장 반응은 PCR 산물의 스메어링을 초래할 수 있다. 스메어링이 인정되는 경우는 신장 반응 시간을 단축하거나 효소량을 줄여 검토합니다.
본 효소는 내열성이 높기 때문에, GC 리치인 주형 등, 고차 구조를 취하기 쉬운 주형의 경우에는, 변성 반응을 96℃ 이상에서 실시할 수 있습니다.
●프라이머의 설계 본 효소는 3'→5'Exonuclease 활성을 가지므로, 프라이머는 Taq DNA polymerase의 경우에 비해 긴 설정을 하는 것을 추천합니다. 또한 Tm값이 높은 프라이머를 사용하는 경우에는 2단계 PCR이 가능합니다. 또, 3'측에 미스매치가 있는 프라이머는, 본 효소에 의해 수정을 받는 경우가 있습니다.
※ 프라이머의 Tm값의 계산은 최근 접염기 대법(Nearest Neighbor method)을 이용하고 있습니다. 프라이머의 Tm값 계산표(EXCEL)는, 이쪽 으로부터 다운로드할 수 있습니다. 이노신을 포함하는 프라이머의 Tm 값은 이 방법으로 계산할 수 없습니다.
● 첨부 버퍼에 대해서 본 효소에는 2종의 버퍼가 첨부되어 있습니다. 일반적으로 #1을 사용하지만 대상 길이가 4kb 이상이거나 #1에서 스메어링이 발생하면 #2를 사용하는 것이 좋습니다.
●Long PCR
본 효소는 Long PCR용이 아닙니다. 긴 타겟을 정확하게 증폭하고 싶은 경우는 KOD -Plus- / KOD -Plus- Ver.2 혹은 KOD FX를 추천합니다.
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rTaq DNA Polymerase (Mg별첨) [TAP-201], <br>KOD DNA Polymerase[KOD-101]파트 단품
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 25mM MgCl2 | Code No.TAP-2S | 포장 1mL | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ -20℃ |
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| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 dNTP Mixture(A, C, G, T each 2mM) | Code No.NTP-201 | 포장 1.0mL×1개 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS
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법규제 ※ -20℃ |
고정확도, 고효율, 고속 PCR 효소
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 KOD -Plus- Neo | Code No.KOD-401 | 포장 200U×1개 | 저장 온도 | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ -20℃ |
고효율·고성공률 PCR 효소
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 KOD FX Neo | Code No.KFX-201 | 포장 200U×1개(200회용) | 저장 온도 | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ -20℃ |
PCR 산물 TA 클로닝 키트 (평활 말단용)
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 TArget Clone -Plus- | Code No.TAK-201 | 포장 10회용 | 저장 온도 | 설명서 사양
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SDS | 법규제 ※ -20℃ |
평활 말단 PCR 산물에 dA 첨가
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 10×A-attachment Mix | Code No.TAK-301 | 포장 25μL(25회용) | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ -20℃ |
제품 내용
KOD DNA Polymerase(2.5U/μL)
100μL×1개
10×Buffer #1 1mL×1개
10×Buffer #2 1mL×1개
25mM MgCl 2 [TAP-2S] 1mL×1개
2mM dNTPs * [NTP-201] 1mL×1개
※50μL로 반응을 실시한 경우, 100~200회용으로서 사용하실 수 있습니다.모양:
50mM Tris-HCl(pH8.0)
0.1mM EDTA
1mM DTT
0.1% Tween ® 20
0.1% Nonidet ® P-40
50% Glycerol
Buffer 구성:
10×Buffer #1
1.2M Tris-HCl(pH8.0)
100mM KCl
60mM (NH 4 ) 2 SO 4
1% Triton ® X-100
100μg/mL BSA
10×Buffer #2
1.2M Tris-HCl(pH8.8)
100mM KCl
60mM (NH 4 ) 2 SO 4
1% Triton ® X-100
100μg/mL BSA
활동 정의:
75℃에 있어서, 30분간에 10nmoles의 전체 뉴클레오티드를 산 불용성 분획에 도입하는 효소량을 1U로 합니다.
기원:
E.coli 재조합체
- 주의사항
PCR에는 제품에 첨부되어 있는 dNTPs 또는 별매의 dNTPs Mixture (2mM) [NTP-201]을 사용해 주십시오. 다른 dNTPs에서는 충분한 성능을 얻지 못할 수 있습니다.
- 원포인트 조언
●PCR 산물의 클로닝 본 효소의 PCR 산물은 평활화되어 있기 때문에, 평활 말단 클로닝법에 의해 클로닝할 수 있습니다. 그 때 벡터측을 탈인산화 처리하고 있는 경우, PCR 산물의 인산화를 실시하거나, 5'인산기가 붙은 프라이머를 사용할 필요가 있습니다.
또한, 본 효소의 PCR 산물은 평활화되어 있기 때문에 직접 TA 클로닝할 수 없습니다.
전용 TA 클로닝 키트 "TArget Clone -Plus-"[ TAK-201 ]를 사용하면 간편 · 고효율로 TA 클로닝이 가능합니다.
● PCR 조건의 설정에 대해서 신장 반응은 타겟 1kb에 대해 30sec.를 표준으로 합니다. 과도한 신장 반응은 PCR 산물의 스메어링을 초래할 수 있다. 스메어링이 인정되는 경우는 신장 반응 시간을 단축하거나 효소량을 줄여 검토합니다.
본 효소는 내열성이 높기 때문에, GC 리치인 주형 등, 고차 구조를 취하기 쉬운 주형의 경우에는, 변성 반응을 96℃ 이상에서 실시할 수 있습니다.
●프라이머의 설계 본 효소는 3'→5'Exonuclease 활성을 가지므로, 프라이머는 Taq DNA polymerase의 경우에 비해 긴 설정을 하는 것을 추천합니다. 또한 Tm값이 높은 프라이머를 사용하는 경우에는 2단계 PCR이 가능합니다. 또, 3'측에 미스매치가 있는 프라이머는, 본 효소에 의해 수정을 받는 경우가 있습니다.
※ 프라이머의 Tm값의 계산은 최근 접염기 대법(Nearest Neighbor method)을 이용하고 있습니다. 프라이머의 Tm값 계산표(EXCEL)는, 이쪽 으로부터 다운로드할 수 있습니다. 이노신을 포함하는 프라이머의 Tm 값은 이 방법으로 계산할 수 없습니다.
● 첨부 버퍼에 대해서 본 효소에는 2종의 버퍼가 첨부되어 있습니다. 일반적으로 #1을 사용하지만 대상 길이가 4kb 이상이거나 #1에서 스메어링이 발생하면 #2를 사용하는 것이 좋습니다.
●Long PCR
본 효소는 Long PCR용이 아닙니다. 긴 타겟을 정확하게 증폭하고 싶은 경우는 KOD -Plus- / KOD -Plus- Ver.2 혹은 KOD FX를 추천합니다.
※ 법규제에 대해서
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