HOMEcDNA synthesis kit [For NGS] [RNA-seq]
GenNext® Shin-RamDA-seq® Single Cell Stranded Kit [RML-101]
가격표
차세대 시퀀서 분석을 위한 cDNA 준비 키트
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 GenNext Shin-RamDA-seq Single Cell Stranded Kit | Code No.RML-101T | 포장 24회용 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
| 품명 GenNext Shin-RamDA-seq Single Cell Stranded Kit | Code No.RML-101 | 포장 96회용 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
RT-RamDA TM 방법 cDNA 준비 Kit 전용 NSR Primer
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 NSR Primer Set for human | Code No.NSR-101 | 포장 96회용 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
| 품명 NSR Primer Set for mouse | Code No.NSR-102 | 포장 96회용 | 저장 온도 -20℃ | 설명서 사양
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SDS
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법규제 ※ 없음 |
용도
● 싱글 셀, 미량 RNA로부터의 RNA-seq용 라이브러리 조제
설명
GenNext ® Shin-RamDA-seq ® Single Cell Stranded Kit는 GenNext ® RamDA-seq ® Single Cell Kit의 개선 된 버전에서 단일 셀 및 미량 RNA에서 차세대 시퀀스 분석 (NGS) 용 라이브러리 준비를 수행하기 위해 키트입니다. 본 키트를 사용하여 RNA 전체 길이를 커버한 NGS 라이브러리를 조제할 수 있으며, 스트랜드 해석도 가능합니다.
본 키트에서는 국립 R&D 법인리화학 연구소에서 개발된 Reverse Transcription with Random Displacement Amplification(RT-RamDA ® )법을 채용하고 있습니다. RT-RamDA ® 법은 랜덤 프라이머와 역전사 효소의 사슬 치환 활성을 이용한 신규 cDNA 증폭 방법으로, poly(A) RNA 이외에 non-poly(A) RNA 유래의 cDNA를 고감도로 검출 합니다. 또한 Shin-RamDA-seq ® 는 rRNA의 추가 감소와 스트랜드 정보의 유지가 구현되어 보다 고정밀 RNA-Seq 분석이 가능합니다.
특징
● 싱글 셀이나 미량 RNA에 대응
1~100세포 또는 10pg~1ng total RNA로부터 cDNA의 합성이 가능합니다.
● RNA 전장을 커버하는 cDNA의 합성이 가능
Oligo-dT primer만을 이용하는 종래법에서는 어려웠던 10kb 이상의 타겟 RNA로부터 cDNA의 합성이 가능하고, RNA 전장으로부터 시퀀스 리드를 얻을 수 있습니다.
● 다양한 종류의 RNA의 검출이 가능, 종래 기술보다 검출 유전자수가 업
Poly(A) RNA의 해석 이외에도 다양한 RNA의 해석이 가능합니다.
· 아이소 폼과 선택적 스플라이 싱의 동정
● 라이브러리 준비까지 대응
cDNA 증폭 후의 일루미나사 NGS용 라이브러리 조제까지 실시할 수 있습니다. (정제용 자성 비드, 어댑터 키트가 별도 필요)
● 향성 정보를 유지하고 보다 정확한 해석이 가능
안티센스와 중첩 유전체를 명확하게 붙일 수 있습니다.
원리
※Shin-RamDA-seq ® , RamDA-seq ® , RT-RamDA ® 는 국립 연구개발법인리화학연구소의 등록상표입니다.
실시예
1. NIH3T3 세포 분석 (Shin-RamDA-seq® Kit와 RamDA-seq® Kit의 비교)
1세포에 평균화한 마우스 유래 NIH3T3세포로부터 라이브러리 조제를 실시하고, RNA-Seq 해석에 제공해, 검출 전사 산물·유전 횟수, 평균 커버리지, 매핑율, rRNA율, 스트랜드 해석률에 대해 해석했습니다. RNA-Seq에는 일루미나사 MiSeq ® 를 사용했습니다.
Shin-RamDA-seq ® Kit는 높은 스트랜드 분석률을 제공하여 RNA의 방향성 정보를 유지했습니다. 또한 Shin-RamDAseq ® Kit는 시약 조성을 최적화하여 RamDA-seq ® Kit보다 rRNA율이 낮고 검출 유전 수는 RamDA-seq ® Kit보다 우수한 결과를 얻었습니다. 또한 NSR Primer을 사용함으로써 rRNA율을 낮추고, 보다 검출 유전 수를 늘릴 수 있었습니다. 
기타 실시예
실시예 2. Shin-RamDA-seq Kit를 이용한 리드 커버리지
실시예 3. K562 세포 분석
실시예 4. FFPE로부터의 NGS 분석
기타 실시예
제품 내용
RML-101 RML-101T Lysis Buffer 240 μL 60 μL Lysis Enhancer 240 μL 60 μL RNase Inhibitor 22 μL 6μL Nuclease free water 960 μL 240 μL RT-RamDA ® Buffer 240 μL 60 μL gDNA Remover 54 μL 14 μL rRNA Remover 30μL 8μL RT- RamDA® Enzyme Mix 54 μL 14 μL RT- RamDA® Primer Mix 54 μL 14 μL 2nd strand synthesis Buffer 330 μL 83 μL 2nd strand synthesis Enzyme 55 μL 14 μL 2nd strand synthesis Primer Mix 275 μL 69 μL Fragmentase 120 μL 30μL End Repair and A-tailing Buffer 96 μL 24 μL End Repair and A-tailing Enzyme 24 μL 6μL Ligation Solution 480 μL 120 μL Library Amplification Master Mix 300 μL 75 μL Library Amplification Primer Mix 120 μL 30μL 본 키트에 포함된 시약 중에는 당사에서 판매하고 있는 다른 키트와 명칭이 동일한 시약이 포함되지만, 다른 키트에 의한 시약의 대체는 할 수 없으므로 주의해 주십시오.
- 주의사항
RamDA Cell Lysis Kit [Code No. RMD-301]은 본 제품과 호환되지 않습니다.
- 기본 반응 조건
- 비고
이중 가닥 cDNA 정제에는 자성 비드 Agencourt ® AMPure ® XP 시약 (Becman Coulter)을 권장합니다. 자기 스탠드는 마그넷 플레이트 BiT-Mag96(샘플라텍사 품번:30550)을 사용할 수 있습니다.
인덱스 어댑터에는 TruSeq ® (일루미나)과 같은 라이브러리 제작에 일반적으로 사용되는 어댑터를 사용할 수 있습니다.
이 키트에는 NSR Primer이 포함되어 있지 않습니다. 인간 유래 샘플에는 NSR Primer Set for human [Code No. NSR-101]을, 마우스 유래 샘플에는 NSR Primer Set for mouse [Code No. NSR-102]를 사용하는 것이 좋습니다.
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일루미나사 차세대 시퀀서용 라이브러리 정량 키트
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명 GenNext NGS Library Quantification Kit | Code No.NLQ-101 | 포장 500회용/20μL 반응 | 저장 온도 | 설명서 사양
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SDS | 법규제 ※ -20℃ |
차세대 시퀀서 분석을 위한 cDNA 준비 키트
| 품명 | Code No. | 포장 | 저장 온도 | 설명서 사양 | SDS | 법규제 ※ |
|---|---|---|---|---|---|---|
| 품명GenNext RamDA-seq Single Cell Kit | Code No.RMD-101 | 포장 96회용 | 저장 온도 | 설명서 사양
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SDS | 법규제 ※ -20℃ |
제품 내용
RML-101 RML-101T Lysis Buffer 240 μL 60 μL Lysis Enhancer 240 μL 60 μL RNase Inhibitor 22 μL 6μL Nuclease free water 960 μL 240 μL RT-RamDA ® Buffer 240 μL 60 μL gDNA Remover 54 μL 14 μL rRNA Remover 30μL 8μL RT- RamDA® Enzyme Mix 54 μL 14 μL RT- RamDA® Primer Mix 54 μL 14 μL 2nd strand synthesis Buffer 330 μL 83 μL 2nd strand synthesis Enzyme 55 μL 14 μL 2nd strand synthesis Primer Mix 275 μL 69 μL Fragmentase 120 μL 30μL End Repair and A-tailing Buffer 96 μL 24 μL End Repair and A-tailing Enzyme 24 μL 6μL Ligation Solution 480 μL 120 μL Library Amplification Master Mix 300 μL 75 μL Library Amplification Primer Mix 120 μL 30μL 본 키트에 포함된 시약 중에는 당사에서 판매하고 있는 다른 키트와 명칭이 동일한 시약이 포함되지만, 다른 키트에 의한 시약의 대체는 할 수 없으므로 주의해 주십시오.
- 주의사항
RamDA Cell Lysis Kit [Code No. RMD-301]은 본 제품과 호환되지 않습니다.
- 기본 반응 조건
- 비고
이중 가닥 cDNA 정제에는 자성 비드 Agencourt ® AMPure ® XP 시약 (Becman Coulter)을 권장합니다. 자기 스탠드는 마그넷 플레이트 BiT-Mag96(샘플라텍사 품번:30550)을 사용할 수 있습니다.
인덱스 어댑터에는 TruSeq ® (일루미나)과 같은 라이브러리 제작에 일반적으로 사용되는 어댑터를 사용할 수 있습니다.
이 키트에는 NSR Primer이 포함되어 있지 않습니다. 인간 유래 샘플에는 NSR Primer Set for human [Code No. NSR-101]을, 마우스 유래 샘플에는 NSR Primer Set for mouse [Code No. NSR-102]를 사용하는 것이 좋습니다.
※ 법규제에 대해서
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생물의 다양성 확보에 관한 법률)
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